MEを使っていると次の様な事に遭遇します。
1.左右をアンシンメトリー（別々の柄）にしたいのにシンメトリー（同じ柄）になってしまう。
（UVマップが片側しかない場合など）
2.削っても何か予想もしない物が残ってしまう。
（UVマップが2重になっている場合など）
これはベースに使おうとしている物のUVマップがその様に作られている為、MEではどうする事も出来ません。
MEはあくまでもある程度知識が無くても見た目をある程度加工出来るだけであり万能ではありません。
これを直そうとするにはMOD作成の知識など別の知識が必要となる為、そこまでやる必要も無い場合は
他に使えそうなベースを探す事をお勧めします。
（次の様なUVマップなどは重なっている部分がある為、色を塗ったり削ったりしても他の部分へと影響してしまう為に
ベースとしては不向きとなります）
次に服などを触っていると以下の様な体の一部が消える場合があります。
これは元の服に対してBody alpha maskという物が設定されており、服を着ている時に肌を表示する表示しないという
設定がされている為です。
トップスの設定のBody alpha maskよりDump original textureを押す事で元になるテクスチャーを出力する事が出来ますので
（何も表示されて無くても入っている場合もあり、又見た目通り入っていない場合もあります）
これをペイントソフトにて色を塗って加工する事により肌の表示をさせる事が出来る様になります。
身体の項目のSkin Overlaysの上の方にあるGet body overlay templateを押すと体のUVマップが出力されますのでそれを重ねて
参考にしながら色を塗っていきます。
常時肌を表示させる場所は黄色、半脱ぎした場合に表示させる場所は緑色、それ以外で服を着ている時に肌を表示させない場所は
黒色で塗ってLoad new override textureで読み込ませる事により見た目通りの肌を表示させる事が出来ます。
（②はかなり肌を出す塗り方をしていますが、服に余裕がある為貫通して肌が表示される肩部分と乳首部分を表示させない様に
塗ってあります。後見やすい様にUVマップを重ねたままにしてあります。）
Clear override textureで入っている物を消し、Export override textureで後から入れたテクスチャーを出力する事も出来ます。
これと同じ操作としてインナーとブラの設定がありますが、操作としては同じですので割愛させて頂きます。
（インナーやブラのUVマップは正規の物は無いので使っているインナーやブラのUVマップ等を参考に作る事となります）
一応身体のUVマップは透過処理がされていないので参考に透過処理して重ねやすくした物を以下に貼っておきます。
大雑把に注意点を書かせて頂きました。
以上となりますが忘れている部分もあるかもしれませんので、その都度追記させて頂きたいと思います。